Dalam rangka pelaksanaan tugas tersebut, Sekretariat Direktorat Jenderal Pembangunan Kawasan Perdesaan menjalankan serangkaian fungsi, meliputi:
- Koordinasi dan penyusunan rencana, program dan anggaran serta evaluasi dan pelaporan di bidang pembangunan kawasan perdesaan;
- Pengelolaan data dan informasi;
- Pelaksanaan urusan keuangan dan barang milik negara;
- Pelaksanaan urusan kepegawaian dan umum;
- Penyiapan, penyusunan rancangan peraturan perundang-undangan dan advokasi hukum; dan
- Penataan organisasi dan tata laksana.
Sekretariat Direktorat Jenderal terdiri atas:
- Bagian Perencanaan;
- Bagian Keuangan dan Barang Milik Negara;
- Bagian Kepegawaian dan Umum; dan
- Bagian Hukum, Organisasi, dan Tata Laksana.
Sesuai dengan Permen Kemendesa No.6 Tahun 2015