Dalam rangka pelaksanaan tugas tersebut, Sekretariat Direktorat Jenderal Pembangunan Kawasan Perdesaan menjalankan serangkaian fungsi, meliputi:

1. Koordinasi dan penyusunan rencana, program dan anggaran serta evaluasi dan pelaporan di bidang pembangunan kawasan perdesaan;
2. Pengelolaan data dan informasi;
3. Pelaksanaan urusan keuangan dan barang milik negara;
4. Pelaksanaan urusan kepegawaian dan umum;
5. Penyiapan, penyusunan rancangan peraturan perundang-undangan dan advokasi hukum; dan
6. Penataan organisasi dan tata laksana.

Sekretariat Direktorat Jenderal terdiri atas:

1. Bagian Perencanaan;
2. Bagian Keuangan dan Barang Milik Negara;
3. Bagian Kepegawaian dan Umum; dan
4. Bagian Hukum, Organisasi, dan Tata Laksana.

Sesuai dengan Permen Kemendesa No.6 Tahun 2015